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전사자 유해 발굴의 절차는 발굴 준비, 발굴 및 수습, 신원 확인, 후속 조치로 나뉜다.
발굴 준비란 전사자의 유해를 찾는 활동을 말한다. 예전에 그 자리에서 전투가 일어났는지의 기록을 살피고 그 지역 주민들의 이야기 등을 통하여 필요한 정보를 얻는다. 또한 그 자리가 교통호였는지 개인호였는지를 파악하고 나서 어디를 발굴할 것인지 확정짓고 그 지역 부대와 행정관서, 그 토지의 소유주에게 협력을 요청한다.
문화재 발굴 기법을 적용하여 최대한 유골을 회손시키지 않도록 발굴한다. 이때에는 국유단 전문발굴팀과 잠정발굴팀, 현지부대의 병력으로 유골을 발굴한다. 그래서 유골을 발굴하면 그 유골과 함께 발굴된 유품, 그 전투 당시의 기록, 사람들의 증언, 정황 등을 분석하여 적군인지 아군인지 판별한다. 피아를 식별하면 전통방식에 따라 입관을 하고 임시 봉안소에 안치시킨다.
임시 봉안소에 안치된 시신의 유해를 통하여 성별, 나이, 인종 등의 감식을 한다(기초감식은 임시감식소에서 행해지고, 좀 더 정밀한 감식은 중앙감식소에서 실시된다.). 유가족들의 DNA를 채취하기 위해 구강 내 분비물을 채취하고, 국방과학수사연구소 또는 민간전문기관에서 그 DNA와 유해의 DNA를 비교 분석하여 신원을 확인한다(올해 1월부터 전국 보건소 및 군 병원에서 현역장병을 대상으로 DNA 채취를 실시하고 있다.).
유전자 감식을 통해 신원이 확인된 유해는 화장한 후 대전 현충원에 안장이 되고, 신원이 파악되지 않은 유해는 혹시 빠른 시일 내에 좀 더 정밀한 유전자 검사를 시행할 수 있을 때를 대비하여 일정기간 유해보관소에 보존이 된다. 우방군은 해당국에 인계되고, 적군은 적군묘지에 매장시켜 준다.